O coronel Manuel Afonso é natural da freguesia da Cova de Lua/Espinhosela – Bragança, e nasceu no dia 27 de abril de 1967. É licenciado em Ciências Militares, na especialidade de Segurança (GNR), pela Academia Militar, e mestre em Direito e Segurança pela Faculdade Nova de Lisboa. É ainda Auditor em Segurança Interna pelo Instituto de Defesa Nacional.
Ingressou no quadro permanente da Guarda Nacional Republicana em 1991, tendo desempenhado diversas funções ao longo da sua carreira profissional, de entre as quais se destacam:
Na sua folha de serviço constam vários louvores e condecorações.
O Comando Territorial do Porto é uma unidade com sede na cidade do Porto e é responsável pelo cumprimento da missão da GNR neste distrito. Tem como missão garantir as condições de segurança que permitam o exercício dos direitos e liberdades e o respeito pelas garantias dos cidadãos, garantir a ordem e a tranquilidade públicas e a segurança e a proteção das pessoas e dos bens, prevenir a criminalidade em geral, desenvolver as ações de investigação criminal e contraordenacional, zelar pelo cumprimento das leis e regulamentos relativos à viação terrestre e aos transportes rodoviários, promover e garantir a segurança rodoviária, e manter a vigilância e a proteção de pontos sensíveis. Integra um Destacamento de Intervenção, dois Destacamentos de Trânsito, designadamente: Penafiel e Porto; e seis Destacamentos Territoriais, designadamente: Amarante, Felgueiras, Matosinhos, Penafiel, Santo Tirso e Vila Nova de Gaia, dispondo cada um deles de vários Postos Territoriais, num total de 31. Contempla ainda o Posto Fiscal de Pedras Rubras, no Aeroporto de Porto.