O major-general Rui Fernando Baptista Moura é licenciado em Ciências-militares, ramo de infantaria, e em Engenharia de Sistemas, e pós-graduado em Investigação Operacional e Engenharia de Sistemas pelo Instituto Superior Técnico.

Das suas habilitações académicas constam ainda os Cursos de Promoção a Oficial General, de Top Senior Police Officers da Academia Europeia de Polícia, de Estado-maior e de Rangers e de Paraquedismo do Exército dos Estados Unidos da América.

Da sua carreira militar constam o desempenho de diversos cargos e funções, dois quais se destacam o de Chefe da Divisão de Pessoal e Instrução do Estado-Maior do Exército, de Chefe da Repartição de Operações Conjuntas do Quartel-General Supremo das Forças Aliadas na Europa da NATO, em Mons na Bélgica, de Comandante do Regimento de Infantaria catorze, em Viseu, de Professor e Coordenador da Área do Exército do Instituto de Estudos Superiores Militares e de Chefe de Estado-maior da Brigada Mecanizada Independente.

Ao serviço de exército português, participou em diversas missões no estrangeiro, designadamente em Angola, Moçambique, Albânia, antiga Republica Jugoslava da Macedónia, Bósnia-Herzegovina, Kosovo e Paquistão.

Na Guarda Nacional Republicana desempenhou as funções de Adjunto do Comandante Operacional e, mais recentemente, de Comandante do Comando da Doutrina e Formação, função esta que cessa para tomar posse como Comandante do Comando Operacional.