O comando territorial é responsável pelo cumprimento da missão da Guarda na área de responsabilidade que lhe for atribuída, na dependência direta do Comandante-Geral.

Nas Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, os comandos territoriais têm sede em Ponta Delgada e no Funchal e, sem prejuízo de outras missões que lhes sejam especialmente cometidas, prosseguem, na respetiva área de responsabilidade,as atribuições da Guarda no âmbito da vigilância da costa e do mar territorial e da prevenção e investigação de infrações tributárias e aduaneiras, dependendo funcionalmente da Unidade de Controlo Costeiro e da Unidade de Ação Fiscal, relativamente às respetivas áreas de competência.

Os comandos territoriais são comandados por um coronel ou tenente-coronel, coadjuvado por um 2.º comandante.

Compete, em especial, aos comandantes de comando territorial nas regiões autónomas articular com o Governo regional a atividade operacional nas matérias cuja tutela compete à região e cooperar com os órgãos da região em matérias do âmbito das atribuições da Guarda.

Organização:

Os comandos territoriais articulam-se em comando, serviços e subunidades operacionais.

Subunidades:

As subunidades operacionais dos comandos territoriais são os destacamentos, que se articulam localmente em subdestacamentos ou postos.

O comando dos destacamentos e das suas subunidades é exercido por um comandante, coadjuvado por um adjunto.

O destacamento é comandado por major ou capitão, o subdestacamento por oficial subalterno e o posto por sargento.